refactor(entities): 更新 mikro-orm 配置文件位置和命令参数

- 将 mikro-orm.config.ts 移动到 src 目录下
- 更新 generate-entities 命令的配置文件路径参数
- 移除废弃的 migrate 和 mikro-orm 命令脚本
- 修改 tsconfig.json 中的 include 配置以包含新的配置文件位置

node_api/tsconfig.json

@@ -56,6 +56,6 @@
   },
 
   // 包含和排除
-  "include": ["src/**/*"],
+  "include": ["src/**/*", "mikro-orm.config.ts"],
   "exclude": ["node_modules", "dist", "test", "**/*.spec.ts", "**/*.test.ts", "src/src/**/*"]
 }